Com apenas 12 anos, Pepê Rodrigues assinou pelo Benfica e mudou-se de Viseu para Lisboa em 2009, porém, o objetivo de se estrear na Luz pela equipa principal nunca chegou a concretizar-se.
Em conversa com o Desporto ao Minuto, o médio que se encontra a representar o Cartagena por empréstimo do Olympiacos deu conta da conversa que teve com Rui Vitória em 2017, após um estágio na Suíça em que acabou por não ter qualquer minuto em campo.
Após uma temporada de destaque ao serviço da equipa B, Pêpê Rodrigues sentiu que estava na altura de dar o próximo passo e acabou por ser cedido ao Estoril, onde se estreou pela equipa B, seguindo-se um empréstimo ao Vitória SC, tendo acabada por ficar a título definitivo em Guimarães.
